股权信托操作一般分为三个阶段：
第一，方案筹划阶段。由信托公司、目标公司达成拟采用信托方式持股的框架协议，同时设计持股方案。
第二阶段，实施阶段，通常由职工将资金或原股东将股权信托给信托公司，由其定向投资到本企业或直接持有本企业股权，并办理股权变更登记，股权信托正式生效。
第三阶段，股权管理阶段，信托公司作为名义股东，履行受托人义务，代为行使股东权利和进行收益分配、财产清算等。具体来说，其操作流程如下：
（一）股权管理信托操作流程
（1）公司原股东作为委托人，将其持有的企业股权，委托给信托公司，设立股权信托；
（2）委托人在股权信托中指定本企业的员工为受益人，受益权份额也由委托人确定；
（3）信托公司作为员工的持股载体，通过工商登记程序，成为公司股东；
（4）公司将股权红利分配给信托公司；信托公司代为行使股东权利。
（5）信托公司履行信托合同，按受益人名册记载的受益人、信托受益权份额和比例将信托收益分配至每个受益人的账户。同时负责管理股权。职工股权可以在内部按照既定程序进行转让、继承、回购等行为并办理相应登记，至此完成职工持股计划。
（二）股权投资信托操作流程
（１）委托人将自有资金委托给信托公司，并指定受益人。
（2）信托公司以自己的名义，将聚集的资金出资至新公司或购买原股东股权； 通过办理工商变更登记，信托公司成为公司股东；
（3）公司分配红利给信托公司；
（4）在信托收益分配时，信托公司将信托收益分配给受益人；
在这种操作流程中，因交付的信托财产为资金，信托公司在信托资金运用过程中需要增加出资或购买原股东股权的过程，其他与股权管理信托相同。
三、股权信托中各当事人的权利义务
股权信托中的当事人分别为委托人、受托人和受益人，委托人和受益人有可能不是同一人。由于其信托目的与一般的资金信托有所不同，各当事人的权利与义务也有别于一般的信托品种。
（一）委托人的权利与义务
委托人设立信托往往是为了实现委托人对于股权的一种特殊管理目的。因此，委托人除了必须按照合同约定交付信托财产；保证信托财产来源合法；有权了解信托财产的管理情况等法律、行政法规规定的权利、义务外，还通过信托合同，在表决权和处分权方面对受托人进行不同程度的控制。受托人虽然是以自己的名义进行信托财产的管理、运用和处分，但是，它如何行使股东权利和履行股东义务，都必须依照委托人的“指挥棒”进行。
（二）受益人的权利与义务
在一般的信托品种中，受益人只享有权利，不承担义务。而股权信托中受益人（职工）享有权利内容更为丰富，具体表现为以下几个方面：
（1）当企业对股东分红时，受益人有获取收益的权利。对现金红利，直接划至受益人帐户；对所送红股，由信托公司代为持有并对受益人增加权利份额。
（2）当企业增资扩股时，受益人有优先参与的权利。
（3）受益人可通过选举受益人管理机构成员、参加管理机构会议或受益人大会以及提案等方式，参与对企业重大事项的决策。
（4）受益人可根据信托文件约定，将信托受益权进行转让、继承。
（5）信托终止时，受益人享有剩余信托财产分配的权利。享有信托受益权。
因股权信托强烈的内部募集特征，其受益人还需要相应承担一定的义务。如根据本企业的要求转让、受让和变更信托受益权、当公司增资扩股或配股时，应缴纳相应资金等等。
（三）受托人的职责
一般而言，对于股权信托，受托人的股权管理职能通常有以股东身份行使认股权、配股权、收益分配权、表决杈、监督权等项权力；向受益人支付取得的股权收益；根据受益人的意志转让其股权信托受益权等。除此之外，受托人还需根据委托人的要求提供一些衍生的股权管理和服务职能，如帮助协调委托人之间或者委托人与其他股东之间的关系：代表委托人或受益人推荐公司董事、参与公司管理，等等。在这类信托业务中，受托人从事的是一种事务性管理工作，在遵守国家法律、法规和信托文件的规定前提下，按照委托人或受益人的书面意见行使相关股东权利，从事相关管理事项，忠实地执行信托事务。对受益人所负的责任包括支付信托利益、根据信托文件的规定转让信托受益权、进行信息披露等等。信托期满，受托人负责保管信托财产并根据委托人的信托财产处置方案进行信托财产处置。信托财产可以以现金形式和股权形式归属于受益人。