《中华人民共和国土地管理法》第十六条第一、二款规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，可以由乡级人民政府处理。
《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五条规定，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
《土地权属争议调查处理办法》第十四条第四项进一步明确，农村土地承包经营权争议案件不作为土地权属争议案件处理。根据上述规定，农村土地承包经营权纠纷，不属于土地管理法第十六条规定的由乡镇人民政府处理的事项。农村土地承包经营权纠纷与土地权属纠纷都会涉及到土地使用权的归属问题，两者相区别的核心要点在于权利来源。
凡是因集体土地承包而取得集体土地使用权，并在此基础上与其他集体土地承包人发生土地使用权纠纷的，属于土地承包经营权纠纷，不属于土地管理法第十六条规定的土地权属纠纷范畴。