增值税专用发票丢失应当:向当地主管税务机关、公安机关报失后接受处罚，然后在《中国税务报》上刊登遗失声明，最后凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，取得销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
专用发票丢失
二、专用发票认证期限
根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）第十条规定：自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票和机动车销售统一发票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应自开具之日起360日内向主管国税机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
三、普通发票和专用发票的区别有哪些
开票主体不同。增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人和部分试点小规模纳税人领购使用;其他小规模纳税人需要使用的，只能通过当地的税务机关******。增值税普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各类纳税人领购使用。税款是否允许抵扣。增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且是增值税一般纳税人购买方的抵扣凭证。而增值税普通发票除税法规定的经营项目外都不能抵扣。